В овер­лей добав­лен пакет «app-admin/webapp-config» с под­держ­кой веб-сервера «nginx». После уста­новки пакета, нужно всего лишь изме­нить в файле «/etc/vhosts/webapp-config» одну строку.
/etc/vhosts/webapp-configvhost_server="nginx"

Теперь можно уста­нав­ли­вать и обнов­лять веб-приложения как обычно, исполь­зуя «webapp-config».